Trường Đại học Y Dược có Trụ sở xây dựng trong khuôn viên Đại học Quốc gia Hà Nội tại 144 Xuân Thủy, Quận Cầu Giấy, TP. Hà Nội, cơ sở vật chất hiện có:
1. Văn phòng, giàng đường, phòng thí nghiệm
Nhà Y1: Là tòa nhà 7 tầng với điện tích sàn là 506(m2), bao gồm phòng làm việc, thực hành, giảng dạy và các phòng thí nghiệm trọng điểm.
Nhà Y2: Là tòa nhà 5 tầng với diện tích sàn là 950(m2), bao gồm các giảng đường, phòng thực hành răng hàm mặt và văn phòng bộ môn.
Nhà C14: Là diện tích Trường mới được bàn giao thêm phục vụ cho định hướng của Trường trong giai đoạn mới với diện tích 300(m2), hiện tại là các giảng đường dành cho đào tạo sau đại học.
Ngoài cơ sở vật chất dùng cho hành chính, giảng dạy, Trường còn có Bệnh viện và Vườn Dược là nơi để sinh viên thực hành, trài nghiệm, nghiên cứu khoa học.
2. Bệnh viện Đại học Quốc gia Hà Nội.
Bệnh viện Đại học Quốc gia Hà Nội là sự gắn kết của đại học và bệnh viện để tích hợp đào tạo lý thuyết và thực hành, tổ hợp y - dược của ĐHQG Hà Nội. Bệnh viện 1.000 giường bệnh dự kiến được thiết kế trên diện tích khoảng 33ha với vốn đầu tư khoảng 200 triệu USD tại khu đô thị đại học trên diện tích đất 1000 ha tại Hòa Lạc, cách trung tâm Hà Nội 30km về phía tây.
3. Vườn Dược liệu
Vườn Dược liệu thực hành đặt tại Ba Vì với diện tích khoảng 12 ha với hơn 200 loài dược liệu phổ biến của Việt Nam, là cơ sở đào tạo thực địa của ĐHQGHN. Vườn dược liệu được xây dựng để phục vụ các mục tiêu như sau:
- Đào tạo, giảng dạy sinh viên tại thực địa về nuôi trồng, về cấu tạo, chức năng, thành phần của các thực vật, đặc điểm hình thái cây thuốc và giải phẫu của các cơ quan rễ, thân, lá, hoa, quả và hạt của thực vật. Một số vấn đề như khái niệm, đặc điểm, các giá trị, tình trạng và phương pháp bảo tồn tài nguyên cây thuốc.
- Cung cấp các cây thuốc, các bộ phận của cây thuốc cho sinh viên thực tập và thực hiện các đề tài nghiên cứu về cây thuốc.
- Bảo tổn các cây thuốc quý trong và ngoài nước.
- Mô hình trình diễn và hướng dẫn cộng đồng về kiến thức nhận biết, nuôi trồng và sử dụng cây thuốc.
- Sản phẩm sau khi thu hoạch và chế biến có thể cung cấp cho thị trường đảm bảo nguồn tài chính, góp phần phục vụ đào tạo và nghiên cứu chất lượng cao.
4. Cơ sở vật chất chung của ĐHQGHN
- Tận dụng cơ sở vật chất dùng chung theo chủ trương của ĐHQGHN (công văn số 2985/HD-ĐHQGHN ngày 10/10/2011), Khoa xây dựng các kế hoạch cụ thể và thiết lập mối quan hệ hợp tác với Văn phòng, Trung tâm Hỗ trợ và phát triển đại học, Trung tâm Hỗ trợ sinh viên, để có thể sử dụng tối đa cơ sở vật chất dùng chung như hội trường, phòng họp, phương tiện vận chuyển...
- Bám sát kế hoạch đào tạo của các đơn vị thành viên và trực thuộc để tận dụng tối đa cơ sở vật chất như giảng đường lý thuyết, thư viện, phòng thí nghiệm cơ bản, cơ sở của Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, Trường Đại học Công nghệ, Viện Công nghệ sinh học...